Соник празднует годовщину своего прибытия на Землю и вместе с Наклзом и Тейлз пытается работать сообща как команда супергероев. Их веселье прерывает появление нового могущественного противника — таинственного инопланетного ежа по имени Шэдоу, который сумел сбежать с сверхсекретной военной базы, где находился в стазисе в течение 50 лет. Крайне сильный и почти неуязвимый, он обрушивает свой гнев на Землю, поскольку жаждет мести за гибель любимого человека. Чтобы его остановить, главные герои вынуждены обратиться за помощью к своему заклятому врагу — доктору Роботнику.