Паддингтон в сопровождении семьи Браун отправляется из Лондона в родные тропические леса Южной Америки, чтобы проведать в заповеднике престарелых медведей свою тетю Люси, которая по нему сильно скучает. Долгожданной встречи не происходит, так как незадолго до их прибытия пожилая медведица загадочным образом пропала, оставив в своей хижине только очки и браслет. Все указывает на то, что тетя Люси ушла в джунгли, чтобы отыскать легендарный затерянный город Эльдорадо. Отправившись по ее следам, главные герои объединяют усилия с капитаном речного судна Хантером Кэботом и его дочерью Джиной, и вовлекаются в череду непредсказуемых приключений.