Дзогоро Кобато, родители которого управляют кондитерской, с самых ранних лет занимается разгадыванием различных тайн, поскольку обладает исключительными навыками дедукции. Из-за своего увлечения подросток почти не имеет друзей, поэтому после перехода в старшую школу решает перестать вмешиваться в чужие дела и начать жить самой обыкновенной жизнью. Он заключает взаимовыгодный союз с робкой одноклассницей Юки Осанаи, которая хочет примерно того же. Однако в школе одно за другим происходят загадочные происшествия, которые подстегивают Дзогоро вернуться к своему детективному призванию.