В мире, где рядом с людьми живут загадочные и удивительные существа — покемоны, начинается история Лико. Тихая и застенчивая девушка покидает родной регион Палдеа, чтобы учиться в Академии Индиго, расположенной в Канто, и стать тренером — человеком, способным понимать покемонов и готовить их к боям. Перед отъездом бабушка вручает Лико кулон с редким узором и говорит, что он убережёт её от бед. Однако с прибытием в Канто героине становится ясно: украшение хранит загадку, которая привлекает внимание таинственной организации «Исследователи», знающей о кулоне гораздо больше, чем сама Лико.